מחקרים

שוני בין מעבדתי בטכניקות NGS

במחקר שנעשה בסין במעבדות שונות העוסקות ב-NGS לבדיקות גנטיות לסרטן הערמונית נמצא חוסר אחידות בעבודת המעבדה, מה שעשוי להשליך על מהימנות התוצאות

מעבדה רפואית. (צילום: אילוסטרציה)

תיקון רקומבינציה הומולוגית (HRR) הוא מנגנון האיתות (signaling pathway) האמין והחשוב ביותר לתיקון נזקי DNA. במחקר שממצאיו פורסמו בכתב העת 'Prostate International', חוקרים ביקשו לבחון בדיקות "ריצוף הדור הבא" (NGS: Next Generation Sequencing), לצורך בדיקות גנים ל-HRR. בנוסף, החוקרים רצו לספק אינדיקציות לעריכת סטנדרטיזציה בבדיקות, ולהכווין את הפרקטיקה הקלינית בנושא.

לצורך המחקר נעשה שימוש בשאלון על מנת לאסוף מידע מעבדתי ולתכנן פאנל לבדיקות גנים ל-HRR, פרמטרים לבדיקות דגימות רקמה ול-ctDNA בסרום (פלזמה), ולביסוס נהלים לפענוח וריאנטים. החוקרים השתמשו גם ב-external quality assessmentי(EQA) על מנת להעריך את איכות הבדיקות של המעבדות המשתתפות. המעבדות הפיקו 5 סליידים של FFPEי(Formalin Fixed Paraffin Embedded) ו-5 דגימות חקייניות ל-ctDNA, כהשוואה מתוקננת. בנוסף, נאספו גם תוצאות הבדיקות והדו"חות, על מנת להעריך את תפקוד המעבדה.

תוצאות המחקר הראו כי במעבדות שונות היו הבדלים מובהקים בפלטפורמות הריצוף, טכנולוגיות בניית הספרייה, הגנים בפאנל הבדיקה, סוגי מוטציות בנות-זיהוי, אזורי כיסוי הבדיקה, פרמטרים הקשורים לריצוף, נהלי פירוש הוריאנטים, ושיעורי הבדיקות החיוביות. במבחן ה-EQA נמצא כי שיעור המעבר הכולל עמד על כ-60%. הדיוק הממוצע לדגימות הרקמה וה-ctDNA היה 79.55% ו-74.13%, בהתאמה.

יש לציין כי וריאנטים ברצף נשנה (tandem repeat) ואתרי השחבור (splice sites) וכן אלו עם תדירות אלל נמוכה, היו חשופים יותר לזיהוי שגוי. הסיבות הנפוצות ביותר לזיהוי שגוי היו כאשר פאנל הבדיקה לא כלל את הגנים או את האקסום השלם ואתרי השחבור של הגנים; כאשר הגנים קוטלגו שלא כראוי כשפירים או כקרוב לוודאי שפירים, וכאשר הווריאנטים לא עמדו בקריטריוני ה-QC.

החוקרים מסכמים כי במסגרת הבקרה ומבחן ה-EQA אותם ערכו, נצפה שוני בין-מעבדתי רב. שוני זה משפיע על מהימנות תוצאות מבחן ה-HRR בבדיקות לגילוי סרטן הערמונית. בשל כך, קיים צורך בביסוס נהלים לבדיקות גנים ל-HRR ובפרשנות הווריאנטים, וכן לשפר את בדיקות ה-HRR בפרקטיקה הקלינית, על מנת לשפר את הניהול והטיפול בחולים.

מקור:

Wu, H., Zhou, L., Zhou, X., Wei, Q., Ouyang, N., Shao, J., Huang, J., & Liang, Z. (2022). Challenges in next generation sequencing of homology recombination repair genomic variants in prostate cancer: A nationwide survey and calibration project in China. Prostate International.

נושאים קשורים:  מחקרים,  ריצוף הדור הבא,  סרטן ערמונית,  רקומבינציה הומולוגית,  בקרת איכות
תגובות