הפרוגנוזה של מלנומה עורית (SKCM: skin cutaneous melanoma) אינה טובה, וחולים עם SKCM מראים תגובה גרועה לאימונותרפיה. במחקר שממצאיו פורסמו בכתב העת 'Disease Markers', מטרת החוקרים הייתה לזהות סמנים ביולוגיים הקשורים לנקרופטוזה, אשר עשויים לסייע בחיזוי הפרוגנוזה של SKCM ולשפר את יעילותה של רפואה מדויקת.
עוד בעניין דומה
החוקרים אספו מידע על SKCM ממסדי הנתונים The Cancer Genome Atlasי(TCGA) ו-GEO. דגימות TCGA סווגו לשני אשכולות על ידי consensus clustering של גנים הקשורים לנקרופטוזה. החוקרים השתמשו באנליזה חד-משתנית של קוקס ו-least absolute shrinkage and selection operator regression אשר הובילו לזיהוי של 11 גנים אשר שימשו לבניית מודל פרוגנוסטי; GSE65904 שימש כסט הבדיקה. ניתוח גורמים ראשיים, t-distributed stochastic neighbor embedding, ואנליזת השרידות של קפלן-מאייר הצביעו על כך שניתן לחלק לשתי קבוצות את הדגימות ב-train and test sets, כאשר קבוצת הסיכון הגבוה הראתה פרוגנוזה גרועה יותר. החוקרים ביצעו אנליזות רגרסיית קוקס, חד משתניות ורב משתניות, ובנו נומוגרמה, עקומת כיול ועקומת receiver operating characteristic תלוית זמן כדי לאמת את יעילות המודל אותו בנו.
האזורים של 1, 3 ו-5 שנים מתחת לעקומות ה-receiver operating characteristic ל-train set היו 0.702, 0.663 ו-0.701, ול-test set הם היו 0.613, 0.627 ו-0.637, בהתאמה. בנוסף לכך, החוקרים ערכו אנליזות Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes ו-Genomes pathway enrichment בין קבוצות בסיכון גבוה וקבוצות בסיכון נמוך. אנליזת העשרה של סט גנים מדגם בודד, אנליזת חדירת תאי חיסון, ציוני מיקרו-סביבה גידולית, אנליזת נקודת ביקורת חיסונית וחיזוי ריכוז מעכב למחצה מקסימלי הצביעו על כך שקבוצת הסיכון הגבוה הראתה יכולת חיסון אנטי-גידולית חלשה יותר. בנוסף, התגובה למעכבי נקודת ביקורת חיסונית הייתה גרועה יותר, וקבוצת הסיכון הגבוהה הייתה רגישה לפחות תרופות נגד גידולים. אנליזת עול מוטציות הגידול, אנליזת השרידות של קפלן-מאייר ואנליזת מתאם בין ציון הסיכון וציון RNA stemness הראו כי קבוצת הסיכון הגבוה עם עול מוטציות נמוך בגידול וציון RNA stemness גבוה נקשרו באופן פוטנציאלי עם פרוגנוזה גרועה.
לסיכום, המודל אותו בנו החוקרים, אשר התבסס על 11 גנים הקשורים לנקרופטוזה, עשוי לנבא את הפרוגנוזה של SKCM. החוקרים מוסיפים כי למודל זה ישנה חשיבות מנחה בבחירת הטיפול הקליני, והוא מספק כיווני מחקר חדשים לעידוד הנקרופטוזה נגד SKCM.
מקור:
הירשמו לקבלת עדכונים בנושאים שעלו בכתבה
